Thủ tục khai thuế ban đầu bao gồm:

• Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (đăng ký Mã số thuế) bản sao y công chứng. (nếu DN có chi nhánh, cửa hàng trực thuộc thì phải kèm thêm bản photo công chứng ĐKKD).
• Quyết định bổ nhiệm Tổng giám đốc hay Giám đốc. (Trường hợp GĐ là chủ tịch HĐTV thì bổ sung thêm biên bản họp HĐTV thay cho quyết định bổ nhiệm Giám đốc kèm Biên bản cuộc họp Hội đồng thành viên hoặc Hội đồng quản trị về việc bổ nhiệm ai làm Giám đốc/ Tổng giám đốc (trừ khi công ty bạn là công ty TNHH 1 Thành viên).
• Quyết định bổ nhiệm Kế toán trưởng hay người phụ trách kế toán do Giám đốc vừa được bổ nhiệm ký (thường là người đại diện đã bầu từ ban đầu), (nếu là Kế toán trưởng thì phải có chứng chỉ kế toán trưởng).
• CMND bản sao y có công chứng của Giám đốc và Kế toán (mang theo bản chính của GĐ để đối chiếu).
• Công văn đăng ký hình thức kế toán, hình thức sử dụng hóa đơn, phương pháp đánh giá tồn kho.
• Đăng ký phương pháp trích khấu hao TSCĐ
• Đăng ký phương pháp tính thuế 
• Tờ khai thuế môn bài và giấy nộp tiền vào NSNN
• Tờ khai thông tin đăng ký thuế, nên đăng ký luôn tài khoản ngân hàng
• Nếu là chi nhánh tại các tỉnh khác chuyển về thì bổ sung thêm :
• Quyết định thành lập chi nhánh.
• Quyết định bổ nhiệm trưởng chi nhánh.
• Bản sao có chứng thực Đăng ký kinh doanh của công ty mẹ .
• Giấy chứng nhận đăng ký thuế của công ty mẹ .(Bản photo công chứng )
• Sau khi chuẩn bị xong doanh nghiệp đến Chi cục thuế gặp bộ phận một cửa (trong phòng Tuyên truyền và hỗ trợ người nộp thuế) để được hướng dẫn đăng ký thuế ban đầu, trình phiếu chuyển và yêu cầu hướng dẫn cho các bạn gặp người quản lý thuế thực tiếp của doanh nghiệp sau. Doanh nghiệp sẽ nộp và đợi họ đến doanh nghiệp làm việc. Khi đã có quyết định của cơ quan thuế là doanh nghiệp được kê khai theo phương pháp khấu trừ thì doanh nghiệp sẽ được phép làm thủ tục đặt in hóa đơn GTGT (Hóa đơn tự in hoặc hóa đơn đặt in).

Sau khi Doanh nghiệp hoàn thành thủ tục đăng ký khai thuế ban đầu với Cơ quan thuế thì doanh nghiệp phải lập hệ thông thang bảng lương, đăng ký lao động gửi lên phòng lao động TBXH Quận và làm hồ sơ đăng ký bảo hiểm ban đầu.